Die ursprüngliche Klosterkirche der Franziskaner wurde 1669 vom kinderlosen Karl Gottfried Graf Breuner und dessen Gemahlin, Maria Anna Gräfin Megau, gestiftet.
Der Grundstein zum barocken Sakralbau wurde am 27. Oktober 1669 feierlich gelegt. Der schritt nur zögerlich voran, wodurch die Einweihung erst am 5. Juli 1676 erfolgte. Graf Breuner erlebte die Fertigstellung leider nicht mehr. Er starb am 23. Juli 1675 und wurde in der Franziskanerkirche in Graz beigesetzt.
1827 bis 1970 übernahmen die Redemptoristen die Betreuung der Kirche von den Franziskanern. Seit 1972 befindet sie sich im Besitz der Marktgemeinde Mautern.
Auch die barocke Inneneinrichtung stammt aus der Zeit des Neubaus. Damit fügt sich das Äußere der Kirche mit dem Inneren zu einem barocken Gesamtkunstwerk zusammen.
