Stift Pernegg teilt sich große Teile der Entwicklungsgeschichte mit Stift Geras. Immerhin wurde es auch von Ekbert und Ulrich II. von Pernegg als Chorfrauenstift um 1153 gegründet.

Wie Stift Geras wurde auch Pernegg von Schicksalsschlägen der Geschichte getroffen. Der Kern der heutigen spätgotischen Stiftskirche dürfte im Laufe des 15. Jahrhunderts entstanden sein.

1580 verstarb die letzte Chorfrau und das Stift wurde von Mönchen aus Geras bezogen. Ab 1644 wurde es offiziell zum Chorherrenkloster und das 17. Jahrhundert brachte insgesamt einen Aufschwung mit sich.

In dieser Zeit wurde die Stiftsanlage ausgebaut und die Kirche barockisiert.

Im Jahre 1783 wurde das Kloster im Zuge der Josephinischen Reformen aufgelassen und die gesamte Ausstattung versteigert. Erst im Jahre 1854 überließ Kaiser Franz Joseph die Anlage wieder dem Chorherrenstift Geras.

Von 1992 bis 1997 wurde das Stift komplett saniert und ausgebaut.