Im Jahre 1014 stiftete Kaiser Heinrich II. Grund und Boden zur Errichtung einer Pfarre und zum Bau einer Kirche in Herzogenburg, das seinen Namen bereits zwischen 861 und 870 erhielt.
Als im Jahre 1244 das bereits 1112 im Mündungsgebiet der Traisen gegründete Augustiner-Chorherren Kloster aufgrund dauernder Überschwemmungsgefahr nach Herzogenburg verlegt wurde, begann man mit dem Bau der damals gotischen Kirche, welche bis 1743 das Ortsbild prägte.
Im ausgehenden Mittelalter wurde das Kloster durch Hussiten und Truppen des Ungarnkönigs Matthias Corvinus zerstört. Ein weiteres Mal wurde das Stift 1513 vernichtet, als ein Großbrand beinahe den gesamten Markt zerstörte.
1714 wurde mit der Neuerrichtung der Stiftsgebäude im heutigen barocken Stil begonnen und 1743 begann der Bau der Stiftskirche.
Die Decke des Kirchenschiffes ist reich mit Fresken ausgestaltet und der gesamte Innenraum stellt ein stimmiges Gesamtkunstwerk des hohen Barock dar.
Ein ganz besonderes Glanzstück ist die Orgel, welche als sie im Jahre 1752 erstmals erklang, die größte Kirchenorgel Österreichs war.
