In der Mitte des 17. Jahrhunderts beginnt die Wallfahrtsgeschichte von Maria Plain mit der Verehrung eines Marienbildes, welches eine Brandschatzung der Schweden während des „Dreißigjährigen Krieges“ in Niederbayern beinahe unbeschadet überstanden hatte.
Dieses Marienbild befindet sich heute in einem kunstvollen Silberrahmen am Hochaltar.
Fürsterzbischof Graf Kuenburg beauftragte 1671 Giovanni Antonio Dario mit der Planung der heutigen barocken Wallfahrtsbasilika, welche am 12. August 1674 eingeweiht wurde.
Die spätbarocke Innenausstattung wurde vor allem von Benediktinerklöstern gestiftet.
Für die Seelsorge am Wallfahrtsort waren von Beginn an Benediktinermönche verantwortlich. Erst die Professoren der Salzburger Benediktiner-Universität und ab 1824 das Benediktinerkloster St.Peter in Salzburg.
