Im Jahre 743 gelangte der Ort Zell am See, damals noch Bisonzio genannt, durch Schenkung in den Besitz des Erzbistums Salzburg. Kurz darauf entstand ein kleines Kloster, das 788 und 790 urkundlich erwähnt wird. Von dieser ersten Kirche ist weder etwas genaueres bekannt, noch sind nachweislich Reste von ihr erhalten.

Während der Ungarneinfälle im 10. Jahrhundert entstand ein neues Gotteshaus in Form einer ottonischen Saalkirche. Der Grundriss dieser Bauphase konnte aufgrund gefundener Fundamentteile rekonstruiert werden. Ein Teil ist heute noch in der Krypta erhalten.

Im Laufe des 12. und 13. Jahrhunderts kam es zum Neubau der heutigen, zum Großteil noch im hoch- und spätromanischen Stil erbauten, Kirche. Der Neubau dürfte in Zusammenhang mit der Gründung eines Augustiner-Chorherrenstiftes stehen.

Das frühgotische Kreuzrippengewölbe entstand im Laufe des 13. Jahrhunderts und Mitte des 15. Jahrhunderts wurde der mächtige Westturm errichtet.

Die neugotischen Altäre wurden in den Jahren 1898 bis 1904 aufgestellt und fügen sich nahtlos in das Gesamtbild dieses architektonischen Meisterwerkes ein.

Vermutlich bereits im 9. Jahrhundert wurde eine erste Kirche in St. Michael von Adeligen gestiftet. Urkundlich erwähnt wird bereits im Jahre 1147 ein Gotteshaus, wodurch St. Michael auch als die Ur- und Mutterpfarre des oberen Lungaues gilt.

Noch heute zeugt der Chorraum vom ursprünglich romanischen Bau, der im 13. und 14. Jahrhundert frühgotisch erweitert wurde. Um für die wachsende Bevölkerung mehr Platz zu schaffen, wurde in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhundert das romanische Langhaus im gotischen Stil vergrößert.

Der mächtige Turm wurde 1677 nach einem Brand erneuert, ob er im Kern noch romanisch ist oder erst im 15./16. Jahrhundert erbaut wurde, ist leider nicht sicher belegt.

Um 1908 entstand der heutige wunderschöne neugotische Hochaltar. Die beiden barocken Seitenaltäre stammen aus dem 18. Jahrhundert.

An der Südwand findet man noch heute kunstvolle Fresken und ein romanisches Rundbogenfenster aus der Zeit um 1240.

Da bereits früh ein reger Verkehr über die Tauern herrschte, muss schon lange vor der ersten urkundlichen Erwähnung im Jahre 1313 eine Kapelle oder Kirche in Fusch gestanden haben.

Der heutige noch frühgotische Turm ist Zeuge der langen Geschichte dieses Bauwerks.

Ab 1713 begann mit einer Erweiterung des Langhauses die Barockisierung der Kirche, die 1779 mit der Errichtung eines neuen Hochaltars abgeschlossen war.

Der hohe Grundwasserspiegel zog über die Jahre die Mauern stark in Mitleidenschaft. Daher beschloss man Anfang der 1970er Jahre einen Neubau des Langhauses in Angriff zu nehmen.

Dadurch entstand das heutige interessante Aufeinandertreffen zweier völlig unterschiedlicher Epochen – modernes Langhaus und frühgotischer Turm.

Am 9. Oktober 1383 wird in einer Urkunde erstmals eine Leonhardskirche in Mittersill erwähnt. Dabei dürfte es sich um den gotischen Vorgängerbau gehandelt haben, der sich an der Stelle der heutigen Annakirche befand.

Ein verheerender Ortsbrand am 15. Mai 1746 zerstört den größten Teil des Ortes und auch die Kirche wird schwer beschädigt. Obwohl das Innere so gut wie unversehrt blieb, entschloss man sich für einen Neubau an anderer Stelle, um zukünftig auch vor den häufigen Hochwassern der Salzach geschützt zu sein.

Bereits im Jahr 1747 erfolgte die Grundsteinlegung zum heutigen barocken Gotteshaus und schon zwei Jahre später wurde der erste Gottesdienst gefeiert. Die offizielle feierliche Einweihung erfolgte aber erst am 2. Oktober 1754.

Anfangs wurde noch die Inneneinrichtung des Vorgängerbaus verwendet, aber noch im Laufe des 18. Jahrhunderts wurde sie vollständig erneuert.

Trotz erfolgter Ausgrabungen im Jahre 1961, kann über mögliche Vorgängerbauten oder die Konkrete Bauzeit der Kirche nur wenig stichhaltiges gesagt werden.

Das Patrozinium legt die Vermutung nahe, dass ein erster Bau etwa im 12. Jahrhundert entstand. Urkundlich erwähnt wird Sankt Margaretha erstmals im Jahre 1409 in einem Ablassbrief als „St. Margaretha auf dem Stein“.

Ursprünglich dürfte es sich nur um ein einfaches turmloses Gotteshaus gehandelt haben, das vermutlich im Mittelalter im gotischen Stil erweitert wurde.

Während des Barock erhielt die Kirche 1722 ihren heutigen Turm, der den bis dahin vorhandenen Dachreiter ersetzte. Auch im Inneren kam es 1736 zur Errichtung neuer barocker Altäre.

Im Jahre 1898 wurde ein vollständiger Umbau des Bauwerks in Angriff genommen. Dieser führte zur heutigen Mischung aus neuromanischem und neugotischem Stil.

Um 1910 dürfte der Umbau abgeschlossen gewesen sein, denn zu dieser Zeit erfolgte die Gestaltung des Innenraumes. Damals entstanden auch die neuromanischen Einrichtungsgegenstände.

Ursprünglich stand um das Jahr 1000 an der Stelle der heutigen Kirche eine Turmburg, in der vermutlich bereits eine erste Kapelle vorhanden war. Kurze Zeit später wurde das gesamte Erdgeschoss dieses Turmbaus in eine Kirche umgewandelt.

Im 11. oder 12. Jahrhundert kam es zu einem Ausbau des Gotteshauses im romanischen Baustil. Während des 14. Jahrhunderts begann eine gotische Bauphase. Fest steht, dass bereits kurz vor der Wende zum 15. Jahrhundert das Langhaus die Ausmaße des heutigen Mittelschiffes hatte.

In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts war der Umbau beendet und über längere Zeit sollte keine Bautätigkeit stattfinden.

1734 wurde der gotische Spitzhelm des Turmes bei einem Brand zerstört und durch einen Doppelzwiebelhelm ersetzt.

Über die Jahrhunderte wurde laufend die Inneneinrichtung verändert und erneuert. Im 18. Jahrhundert schmückten ein barocker Hochaltar und Seitenaltäre im selben Stil den Innenraum.

Eine Brandkatastrophe im Jahre 1811 beschädigte die Kirche so schwer, dass nur die gemauerten Teile großteils erhalten blieben.

Im Zuge des Wiederaufbaus erhielt 1813 der Turm seinen heutigen Pyramidenhelm und ein hölzernes Gewölbe wurde eingezogen. Bis 1836 wurde die Inneneinrichtung im klassizistischen Stil erneuert.

Da man mit dem Zustand der Kirche nicht zufrieden war, wurde sie in den Jahren 1858 bis 1861 zu einer neuromanischen Basilika umgestaltet und erhielt wieder eine neue Inneneinrichtung.

Ab den 1950er Jahren erfolgte die letzte umfangreiche Umgestaltung, die vor allem den Innenraum betraf, wobei alle historischen Einrichtungsgegenstände entfernt wurden.

Durch die sehr bewegte Baugeschichte entstand ein modern wirkender Sakralbau, dem nicht mehr anzusehen ist, dass sein ältester Kern 1000 Jahre alt ist.

Die ursprünglich dem heiligen Ägydius geweihte Kirche dürfte bereits recht früh bestanden haben, wird aber erst 1323 urkundlich erstmals erwähnt.

Um 1500 wird der anfangs romanische Bau gotisch erweitert und umgebaut, woraufhin er 1513 erneut geweiht wurde und in diesem Zuge der heilige Leonhard als Patron hinzukam.

Im Jahre 1740 wurde endgültig ein Neubau notwendig, da der Bau in einem zu desolaten Zustand war, um nur umgebaut zu werden. In nur sechsjähriger Bauzeit entstand die heutige barocke Kirche, wobei Teile des Turmes vom Vorgängerbau übernommen wurden.

Auch die barocke Inneneinrichtung wurde im Zuge dieses Neubaus errichtet, wodurch ein abgerundetes Gesamtbild geschaffen wurde.

Bereits 924 wird in St. Johann eine Kirche erstmals urkundlich erwähnt und 1074 scheint erstmals die Namensnennung „ad sanctum Johannem in villa“ auf.

Für das Jahr 1329 ist ebenfalls der Bau und die Einweihung einer neuen Kirche dokumentiert.

Am 31. Mai 1855 zerstörte ein Großbrand den gesamten Markt, infolgedessen der Bau der heutigen neugotischen Kirche begann.

1871 stürzte der erst errichtete Turm aufgrund von Baumängeln ein und man plante die heutige Zweiturm-Fassade, welche in der Zeit von 1871 bis 1876 fertiggestellt wurde.

Da der Bau die Form einer Domkirche hat, aber nie wirklich Bischofssitz war, wird er auch „Pongauer Dom“ genannt.

Auch der Innenraum ist mit der für die Bauzeit typischen neugotischen Einrichtungsgegenstände ausgestattet.

1421 soll eine Leonhardstatue aus der Tamsweger Pfarrkirche verschwunden und auf dem Schwarzenberg wieder aufgetaucht sein. Sie wurde zurückgebracht und in eine eisenbeschlagene Truhe gesperrt. Dies wiederholte sich mehrmals, bis beschlossen wurde die Statue am Berg zu belassen und eine Kapelle zu errichten.

Durch den größer werdenden Zustrom an Wallfahrern konnte eine größere Kirche erbaut werden, welche 1433 eingeweiht wurde.

Die weithin sichtbare gotische Wallfahrtskirche ist umgeben von Wehranlagen, welche 1478 errichtet wurde, als die Osmanen erstmals das Salzburger Stiftsgebiet erreichten. Bis 1489 waren hier Truppen des ungarischen Königs Matthias Corvin zum Schutz stationiert.

Von den im Jahre 1613 noch insgesamt sechs Altären ist heute leider keiner mehr erhalten, denn Mitte des 17. Jahrhunderts kam es zu einer barocken Umgestaltung des Innenraumes.

Eine Besonderheit ist auch, dass seit Gregor Lederwasch I. 1665 Messner der Wallfahrtskirche war, dieses Amt ununterbrochen von Nachfahren der Familie bekleidet wird.

Im Jahre 1231 wird die Kirche unter dem Namen „capella zu Teinswich“ erstmals urkundlich erwähnt.

1738 wird der gesamte Bau mit Ausnahme des Turmes abgerissen und bis 1741 entsteht das heutige barocke Bauwerk.

Der Innenraum ist geschmückt von fünf barocken Altären, welche der Tischler Andrä Pirchner schuf.