Im Jahre 743 gelangte der Ort Zell am See, damals noch Bisonzio genannt, durch Schenkung in den Besitz des Erzbistums Salzburg. Kurz darauf entstand ein kleines Kloster, das 788 und 790 urkundlich erwähnt wird. Von dieser ersten Kirche ist weder etwas genaueres bekannt, noch sind nachweislich Reste von ihr erhalten.
Während der Ungarneinfälle im 10. Jahrhundert entstand ein neues Gotteshaus in Form einer ottonischen Saalkirche. Der Grundriss dieser Bauphase konnte aufgrund gefundener Fundamentteile rekonstruiert werden. Ein Teil ist heute noch in der Krypta erhalten.
Im Laufe des 12. und 13. Jahrhunderts kam es zum Neubau der heutigen, zum Großteil noch im hoch- und spätromanischen Stil erbauten, Kirche. Der Neubau dürfte in Zusammenhang mit der Gründung eines Augustiner-Chorherrenstiftes stehen.
Das frühgotische Kreuzrippengewölbe entstand im Laufe des 13. Jahrhunderts und Mitte des 15. Jahrhunderts wurde der mächtige Westturm errichtet.
Die neugotischen Altäre wurden in den Jahren 1898 bis 1904 aufgestellt und fügen sich nahtlos in das Gesamtbild dieses architektonischen Meisterwerkes ein.
