Schon Ende 13. Jahrhundert wurde das Bürgerspital Zwettl errichtet und mit ihm auch eine erste Martinskapelle.

Bei der Belagerung durch die Hussiten 1427 wurden das Bürgerspital und auch die Kapelle zerstört.

Bis Mitte des 15. Jahrhunderts wurde die Einrichtung wieder aufgebaut und auch die heutige spätgotische Kirche entstand.

Zentrales Schmuckstück des Innenraumes ist der frühbarocke Hochaltar aus dem Jahre 1678.

Es wird angenommen, dass Spital und Spitalskirche um 1300 errichtet wurden. Eine Weihe zu Ehren der Heiligsten Dreifaltigkeit ist für den 16. Februar 1472 urkundlich belegt.

Mehrere Stadtbrände beschädigten über die Jahrhunderte die Kirche stark. Nach dem letzten Brand im Jahre 1682 wurde der Bau bis 1686 wiederhergestellt und erhielt dabei sein heutiges barockes Aussehen.

Seit damals hat sich weder die Form des Bauwerks, noch die barocke Innenausstattung verändert.

Im Jahre 1453 wird die ursprünglich spätgotische Kirche erstmals urkundlich erwähnt. Sie gehörte zum Bürgerspital, welches im 15. Jahrhundert errichtet wurde.

1490 kam es zu einem Neubau, welcher 1598 seine heutige barocke Form erhielt.

Durch Brände im 17. und 18. Jahrhundert wurde die Kirche beschädigt, was zu baulichen Veränderungen führte, welche das heutige Bild des Sakralbaus prägen.

Eine Besonderheit ist der Altar des kleinen Gotteshauses. Er stand ursprünglich in Mariazell und wurde dort am 8. September 2007 von Papst Benedikt zur Messfeier genutzt.

Leider konnten über den genauen Ursprung der Spitalskirche keine Informationen gefunden werden. Belegt ist, dass sie bereits vor 1500 bestand und dass das Bürgerspital bereits 1381 gestiftet wurde.

In den Jahren 1500 bis 1506 erfolgte ein spätgotischer Neubau des Spitals und der Kirche.

1700 bis 1720 erfolgte eine spätbarocke Ausgestaltung des Innenraumes, wobei besonders der überlebensgroße Christus am Kreuz erwähnenswert ist.

Im Jahre 1307 wurde das Stadtspital, heute eine Schule, außerhalb der Stadtmauern errichtet. Die dazugehörige Kirche ist seit 1320 urkundlich nachgewiesen.

Der ursprünglich gotische Bau wurde um 1700 durch die heutige barocke Kirche ersetzt.

Im Inneren präsentiert sich das Bauwerk als Schmuckstück des Hochbarock, mit unzähligen Stuckarbeiten. Die barocke Inneneinrichtung rundet das Gesamtbild ab.