Stift Pernegg teilt sich große Teile der Entwicklungsgeschichte mit Stift Geras. Immerhin wurde es auch von Ekbert und Ulrich II. von Pernegg als Chorfrauenstift um 1153 gegründet.

Wie Stift Geras wurde auch Pernegg von Schicksalsschlägen der Geschichte getroffen. Der Kern der heutigen spätgotischen Stiftskirche dürfte im Laufe des 15. Jahrhunderts entstanden sein.

1580 verstarb die letzte Chorfrau und das Stift wurde von Mönchen aus Geras bezogen. Ab 1644 wurde es offiziell zum Chorherrenkloster und das 17. Jahrhundert brachte insgesamt einen Aufschwung mit sich.

In dieser Zeit wurde die Stiftsanlage ausgebaut und die Kirche barockisiert.

Im Jahre 1783 wurde das Kloster im Zuge der Josephinischen Reformen aufgelassen und die gesamte Ausstattung versteigert. Erst im Jahre 1854 überließ Kaiser Franz Joseph die Anlage wieder dem Chorherrenstift Geras.

Von 1992 bis 1997 wurde das Stift komplett saniert und ausgebaut.

Erstmals um 1130 urkundlich erwähnt, deutet auch die Architektur und auch die Lage auf einem Hügel auf eine lange Geschichte hin.

So erkennt man noch heute am äußeren Erscheinungsbild deutlich den romanischen Ursprung.

Vermutlich im 15. Jahrhundert erhielt der Bau einen gotischen Innenraum. Zu dieser Zeit wurde die vermutlich ursprünglich flache Decke des Langhauses zum heutigen gotischen Gewölbe umgebaut wurde.

Von der Barockisierungswelle Großteils verschont, erhielt der Bau nur gegen Ende des 18. Jahrhunderts spätbarocke Altäre und eine neue Orgel.

Im Jahre 1439 wurde an dieser Stelle eine erste kleine Marienkirche errichtet, bevor 1461 der heutige gotische Bau entstand.

Besonders auffällig ist der fünfgeschossige schmale Turm, welcher die prächtige Westfassade krönt.

Ende des 18. Jahrhunderts kam es zu einer völligen Umgestaltung des Innenraumes, im der damaligen Zeit entsprechenden spätbarocken Stil. Glücklicherweise blieb das Äußere unverändert.