Der heutige Bau stellt architektonisch den Übergang zwischen dem Hochbarock und dem frühen Klassizismus dar und befindet sich auf historischem Boden. Im Jahre 1012 wurde hier der heilige Koloman durch den Strang hingerichtet und am Standort der Kirche begraben. 1014 wurde sein Leichnam nach Melk überstellt.
Vermutlich bereits im 11. Jahrhundert wurde eine erste romanische Kirche errichtet, da zu dieser Zeit die Pfarrorganisation der Passauer Erzbischöfe in diesem Gebiet begann. Stockerau war dabei eine von fünf Mutterpfarren.
Für das Jahr 1215 ist die Übergabe der Pfarre von Passau an das Stift Klosterneuburg belegt, was aber bereits 1293 wieder rückgängig gemacht wurde. Erst 1784 übernahm die Erzdiözese Wien die Pfarre Stockerau.
Mitte des 15. Jahrhunderts wurde der romanische Bau gotische umgebaut, oder vielleicht sogar völlig neu errichtet.
1722 bis 1725 entstand der heutige, 88 Meter hohe, überwiegend barocke Turm. Er ist damit der höchste Kirchturm Niederösterreichs.
50 Jahre später, 1777 bis 1778, wurde das gotische Langhaus abgerissen und das heutige frühklassizistische entstand.
Die Inneneinrichtung stammt aus der Zeit dieser letzten großen Bauphase. Der Innenraum wirkt insgesamt auf den ersten Blick sehr dezent, aber im Detail betrachtet sehr stimmig und edel.
