Mitte des 13. Jahrhunderts wird der Ort Schwarzach erstmals urkundlich erwähnt. Dokumentiert ist auch, dass bereits 1468 eine erste Sebastiankapelle am Platz der heutigen Kirche stand.
Vermutlich aus Platzmangel kam es in den Jahren 1901 bis 1903 zum Neubau und das heutige Meisterwerk der Neugotik entstand.
Die feinen neugotischen Details am Bauwerk selbst und der gesamten Inneneinrichtung ergeben ein stimmiges und sehr schönes Gesamtbild.
1995 erhielt die Kirche ihre heutige Orgel, die von der in Schwarzach beheimateten Orgelbaufirma Rieger stammt.
