Bereits im Mittelalter dürfte hier, wie für die Zeit üblich, eine hölzerne Kapelle gestanden sein. Dokumente aus der Zeit um 1607 belegen eine steinerne Kirche, aber noch mit hölzernem Gewölbe.
Vermutlich aufgrund eines desolaten Bauzustandes, wurde nach vielen Umbauten um 1753 mit einem kompletten Neubau der heutigen Kirche begonnen.
Der Bau verzögerte sich durch finanzielle Engpässe und Materialmangel deutlich und der Turm erhielt sogar erst um 1830 sein heutiges Dach.
Die Pfarrkirche von St. Johann im Saggautal ist eines der Beispiele für die Zeit des Überganges vom Spätbarock zum Klassizismus.
Bei der Inneneinrichtung ist der Stil des Hochbarock unverkennbar. Selten, aber wunderschön, sind die weißen Statuen an den Altären.
